A.D.2009,在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦因为陈源发现了他不知死活,所以左爪猛然用力,五指顿时抓进了卫剑豹的肌肉里,完全是硬生生地抓进去的,这次是真正拿住卫剑豹肩胛骨了,鲜血从他五指之间溅射出来,瞬间就染红了卫剑豹的左肩。争之后,幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合,开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059人类为寻求可居住的惑星,不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番),航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome为举行LIVE来到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto,三人的不期而遇,彼此的命运从此相互牵系!而此时,Frontier遭遇不明敌人的强力攻击,移民船团上的人们又将何去何从?新的Macross物语即将展开!!!